杀菌剂又称杀生剂、杀菌灭藻剂、杀微生物剂等，通常是指能有效地控制或杀死水系统中的微生物--细菌、真菌和藻类的化学制剂。农业杀菌剂剂，是用于防治由各种病原微生物引起的植物病害的一类农药，一般指杀真菌剂。但国际上，通常是作为防治各类病原微生物的药剂的总称。随着杀菌剂的发展，又区分出杀细菌剂、杀病毒剂、杀藻剂等亚类。如何正确使用杀菌剂呢？主要分为以下几点。
1、使用杀菌剂要先看防治对象，对症下药。比如蔬菜、花卉（草坪）锈病的防治，就不能选用多菌灵，而用粉锈宁、百菌清、惠生等药剂，因为多菌灵对部分蔬菜，特别对花卉（草坪）的锈病防治效果已经不是很理想。
2、使用杀菌剂要看它的含量。在药剂使用中，不同含量的同一种杀菌剂使用的浓度不同，50%多菌灵可湿性粉剂稀释500倍，可防治蛇眼病、白粉病等病害，并有较好的效果，而25%多菌灵可湿性粉剂则稀释250倍，因此，为减少无谓的损失和浪费，应当在使用前看准它的有效含量。
3、使用杀菌剂要抓住时机。众所周知，蔬菜花卉病虫害的发生、发展时令性很强，且植保工作应当以预防为主，为辅，尤其是病害，更是如此。所以我们必须抓住时机，把病虫害控制在低点，以达到事半功倍的效果。像叶菜类的白粉病、炭疽病等，就必须在发病前期进行防治用药，才能将病菌控制住，不再蔓延。
4、使用杀菌剂要相互交替。长期单一使用同一种或同一类杀菌剂，容易使病菌产生抗药性，达不到预期的防治效果，导致浪费或更大的经济损失。
5、注意施药时间。一般施药时间都在晴天下午4时过后，忌雨水前后施药。在4~6月份，阴雨连绵天气多，宜在喷药时加入农倍利、雨水保等表面活性剂。
6、注意某些杀菌剂对蔬菜花卉的敏感性。例如，DT、春雷氧氯铜等含铜农药作灌根时，对节瓜有一定的药害，多菌灵淋施冬瓜时也易发生药害。
7、使用杀菌剂要掌握禁忌对象，不能随意混合。几乎每一种杀菌剂都有它禁忌对象，在使用之前，一定要弄清楚。托布津不能与铜制剂混用，百菌清不能与石硫合剂等强碱性药剂混用。
除此之外，还要特别注意此农药是否禁用和其间隔期。也要注意选择适当的施法。